Le but d’un examen bactériologique est d’isoler le germe responsable et de connaître sa sensibilité aux antibiotiques que l’on peut utiliser. S’agissant d’otite externe sensu stricto, cet examen est globalement inutile et surtout totalement ininterprétable sans un examen cytologique concordant. 
En effet :
• Les germes isolés ne sont pas toujours ceux que l’on identifie à l’examen cytologique (problème d’acheminement
et de conservation du prélèvement),
• Même si un germe est sensible in vitro à un antibiotique donné, celui-ci peut s’avérer inopérant dans le conduit
auditif dans un milieu notamment très purulent,
• A contrario des germes résistants sur le papier peuvent être sensibles à l’antibiotique administré dans le conduit
auditif, les concentrations en antibiotiques des préparations auriculaires étant très largement supérieures aux
pires CMI,
• Les causes d’échec thérapeutique lors d’otite chronique sont très souvent imputables à d’autres facteurs qu’à une
résistance bactérienne à un antibiotique (soins topiques partiels, topiques sous-dosés ou irritants ou macérants,
otite moyenne, otite hyperplasique primaire, bouchon proximal…).
Toutefois, lors d’otite sténotique et lors d’otite moyenne cet examen est indispensable pour le choix de l’antibiotique que l’on utilisera par voie générale.
